지방공사가 운영하는 농수산물도매시장에 적용되는 지방세 감면 특례가 올해말 일몰될 예정이다. 해당 지방공사는 일몰되면 경영 악화 부담이 커진다며 특례 연장을 호소했다.

전국 공영도매시장 33곳 중 서울 가락·강서 시장과 경기 구리농수산물도매시장, 대구농수산물도매시장 4곳은 서울시농수산식품공사·구리농수산물공사·대구농수산물유통관리공사 3곳이 운영한다.

업계에 따르면 2011년까지는 지방자치단체 조례를 통해 이들의 지방세가 면제됐다. 그러다 2011년 ‘지방세특례제한법’이 신설되면서 ‘농수산물의 원활한 유통 및 적정한 가격의 유지를 목적으로 설립된 지방공사’는 해당 법에 기속돼 지방세가 감면됐다.

‘지방세특례제한법’ 제15조 제2항에 따르면 지방농수산물공사 3곳은 부동산 취득세·재산세 100%가 감면된다. 2015년 ‘최소납부세제’가 도입되며 해당 조항을 적용받는 경우 같은 법에 따라 지방세 15%를 납부해야 한다. 최소납부세제는 면제 혜택을 부여하더라도 납세 능력이 있다면 최소한의 세액(면제세액의 15%)을 부담하게 하는 제도다.

그런데 ‘지방세특례제한법’ 부칙에 따라 지방공사가 운영하는 도매시장들은 최소납부세제 적용도 유예됐다. 이러한 감면 특례는 지금까지 네차례에 걸쳐 연장돼왔고 올해말 일몰 기한이 다시 찾아왔다.

구리농수산물공사에 따르면 이들이 지난해 감면받은 지방세는 40억원 수준이다. 세 감면이 일몰되면 당장 내년부터 해당 세금을 모두 납부해야 한다. 최소납부세제가 적용되면 6억원가량을 내야 한다. 지난해 기준 구리농수산물공사의 당기순이익은 11억7000만원이다.

구리농수산물공사 관계자는 “일몰이 연장되지 않으면 경영 악화는 정해진 수순”이라며 “도매시장 운영의 전문성·효율성 제고라는 지방농수산물공사의 설립 목적이 희석될 수 있다”고 우려했다.

대구농수산물유통관리공사 관계자는 “최소납부세제 적용이 유예되지 않으면 당장 내년부터 연간 2억∼3억원을 추가로 납부해야 하는데 공사는 이를 감당할 여력이 없다”며 “현행대로 최소납부세제 적용 유예까지 연장되는 것이 지금으로선 최선”이라고 강조했다.

세제 특례 연장은 법 개정사항이다. 행정안전부 관계자는 “감면규모에 관해 아직 확정된 게 없다”면서도 “8월 중 시행할 입법예고를 통해 확인할 수 있을 것”이라고 말했다.

정진수·서효상 기자